Berikutan kebakaran di Istana Ajuda pada tahun 1794, Putera Regent John VI dan isterinya Carlotta Joaquina mula menggunakan Queluz sendiri. Sayap Robillon dibesarkan dan diberi lantai atas untuk penggunaan puteri dan sembilan anaknya.[32] Tambahan ini dimusnahkan dalam api pada tahun 1934.[32] Untuk melarikan diri dari pasukan Napoleon I pada tahun 1807, keluarga diraja Portugis meninggalkan Queluz dan Pemindahan Mahkamah Portugis ke Brazil. Pasukan pekerjaan Perancis mengambil alih istana, dan komandan mereka, Jendral Junot, membuat beberapa perubahan pada bangunan itu.[14] Pada keluarga pulang dari buangan pada tahun 1821, Raja lebih suka tinggal di Mafra, meninggalkan isterinya, Ratu Sepanyol, Carlotta Joaquina, untuk menduduki Queluz dengan ibu saudaranya Puteri Maria Francisca Benedita.[32] Raja melawat Queluz tidak semestinya. Ia adalah pada salah satu lawatan yang jarang berlaku bahawa João VI meninggal dunia di bilik tidur King Circle domed tahun 1826.[15]

Carlotta Joaquina, kadang-kadang digambarkan sebagai jahat,[33] dikatakan bercita-cita tinggi dan ganas. Ciri-cirinya dilaporkan jelek, dan dia pendek. Apa pun kelemahannya, dia hidup dalam gaya yang hebat di Queluz, menggunakan orkestra yang William Beckford gambarkan sebagai yang terbaik di Eropah.[24] Ratu juga mempunyai teater peribadi kecil di taman-taman, yang tidak ada apa-apa hari ini.[24] Beliau meninggal dunia di istana pada tahun 1830.[24]

Berikutan kematian Carlotta Joaquina, Queluz hanya melihat penggunaan sekejap sebagai kediaman diraja dan bukan lagi kediaman utama royalti Portugis. Anak lelaki Carlotta Joaquina Raja Miguel menggunakan istana semasa perang saudara selama tiga tahun perang saudara yang berperang melawan saudaranya Raja Pedro IV,[32] sebelum dipaksa oleh saudaranya pada tahun 1834 untuk membatalkan dan pergi ke pengasingan. Setahun kemudian, Pedro IV meninggal dunia akibat tuberkulosis pada usia 35 di Queluz, istana kelahirannya. Anak perempuan Pedro I, Maria II, memutuskan sehingga kematiannya pada tahun 1853 dan digantikan oleh anaknya Pedro V. Berikutan kematiannya yang tidak lama dalam wabak kolera pada 1861, takhta disahkan kepada saudaranya, Luís. Dari masa ini keluarga diraja hidup terutama di Istana Ajuda yang dibina semula di Lisbon. Ketika pembunuhan anak lelaki Luís, Carlos I, pada tahun 1908, istana itu memasuki pemilikan negara. Portugal berada dalam kekacauan revolusi dan pemerintahan beraja jatuh dua tahun kemudian.